De coördinatie en organisatie van het Deltaplan Biodiversiteitsherstel wordt uitgevoerd door het programmabureau. Dit bureau ondersteunt het bestuur en de werkgroepen en is verantwoordelijk voor het onderhouden van de contacten met partners en supporters en externe stakeholders. Daarnaast heeft het programmabureau een belangrijke rol om projecten/trajecten op landelijk niveau te initiëren, te coördineren en uit te voeren. De administratie van de stichting wordt ook verzorgd door het programmabureau. Verder is het programmabureau verantwoordelijk voor communicatie, organiseert zij de partner- en supporterdagen en fungeert ze als vraagbaak voor (potentiële) partners en supporters.